Podstawowy kierunek badań prowadzonych przez zespół Katedry Limnologii, pierwotnie pod kierunkiem prof. UG dr hab. Władysław Lange, a od 2005 roku – prof. UG dr hab. Elżbiety Bajkiewicz-Grabowskiej, stanowi ocena sposobu funkcjonowania ekosystemów jeziornych oraz diagnoza kierunków i nasilenia współczesnych ich przemian. W szczególności badania koncentrują się na:
– naturalnych i antropogenicznych uwarunkowaniach współczesnych przemianach jezior,
– obiegu i transformacji materii w młodoglacjalnych systemach rzeczno-jeziornych,
– zróżnicowaniu ustrojów wodnych jezior,
– zróżnicowaniu ustrojów termiczno-dynamicznych jezior,
– zróżnicowaniu reżimów optycznych jezior,
– funkcjach hydrologicznych jezior w strukturze zorganizowanego odpływu obszarów młodoglacjalnych,
– wpływie ekstremalnych zdarzeń meteorologicznych i hydrologicznych na funkcjonowanie jezior,
– antropogenicznych przemianach stosunków wodnych w zlewniach jezior śródmiejskich.

     Zespół Katedry Limnologii uczestniczy w przedsięwzięciach naukowo-badawczych oraz badawczo-wdrożeniowych, podejmowanych wspólnie z samorządami lokalnymi oraz instytucjami zajmującymi się ochroną przyrody, związanymi z potrzebami opracowania diagnozy stanu ekologicznego jezior obszarów chronionych województwa pomorskiego. Zakres badań prowadzonych wspólnie z Wydziałem Biologii UG oraz Zakładem Ekologii Roślin i Ochrony Przyrody UMK w Toruniu, obejmuje kompleksowe rozpoznanie biotycznych i abiotycznych charakterystyk środowiska wodnego, stanowiących podstawę oceny stopnia zaawansowania współczesnych przemian ekosystemów jeziornych. Dotychczas przeprowadzono badania jezior parków krajobrazowych: Kaszubskiego, Zaborskiego oraz Wdzydzkiego, a obecnie trwa ocena stanu ekologicznego jezior Suwalskiego Parku Krajobrazowego.

     Zespół Katedry Limnologii uczestniczył w programie ochrony jezior województwa pomorskiego  Czyste jeziora Pomorza. Dokonana na zlecenie Urzędu Marszałkowskiego Województwa Pomorskiego diagnoza stanu ekologicznego najbardziej typowych jezior województwa pomorskiego jest zgodna ze strategicznymi zapisami dotyczącymi ochrony środowiska zawartymi w „Strategii Rozwoju Województwa Pomorskiego” oraz „Programie Ochrony Województwa Pomorskiego na lata 2007-2010 z uwzględnieniem perspektywy 2011-2014”. Dokument „Czyste jeziora Pomorza  diagnoza” zawiera ocenę stopnia podatności jezior na degradację wraz z określeniem przyczyn ich degradacji, a także wskazuje działania które winny być podjęte w celu zatrzymania procesu eutrofizacji tych zbiorników, utrzymania lub przywrócenia dobrego stanu ich wód.

     Najnowszą inicjatywą naukową, podjętą wspólnie z innymi jednostkami naukowymi, są kompleksowe badania wykraczające poza tradycyjne ramy limnologii fizycznej, których to wyniki mogą znaleźć zastosowanie w szeroko rozumianym zarządzaniu jeziorami i gospodarowaniu ich zasobami oraz w gospodarce rybackiej. Ich zakres tematyczny obejmuje zagadnienia:
– przyrodniczych uwarunkowań oraz konsekwencji zróżnicowania ustrojów tlenowych jezior nizinnych,
– diagnozy współczesnego stadium zaawansowania przemian jezior oraz prognozy kierunków dalszej ich transformacji.