Powstanie Zakładu Limnologii należy wiązać z konsekwentnymi działaniami zmierzającymi do zbudowania na Uniwersytecie Gdańskim zespołu badawczego, złożonego z geografów-hydrologów, specjalizującego się w problematyce badań jeziornych. Pierwszym efektem tych działań jest utworzenie w 1993 r. (na ówczesnym Wydziale BGiO UG) Zakładu Limnologii, którego pracami od samego początku kieruje pomysłodawca i organizator zespołu – prof. UG dr hab. Władysław Lange. Jednocześnie obejmuje On kierownictwo Stacji Limnologicznej w Borucinie, która zostaje włączona w strukturę organizacyjną Zakładu, stając się jego zamiejscową placówką terenową. W roku 1997 w skład Zakładu Limnologii włączona zostaje Pracowania Kartografii i Fotointerpretacji. W następstwie przeprowadzonych zmian strukturalnych i wzrostu liczby zatrudnionych pracowników w roku 1998 Zakład zostaje przekształcony w Katedrę Limnologii. Od samego początku istnienia zespołu prace jego członków koncentrują się głównie wokół rozpoznania fizycznolimnologicznych uwarunkowań współczesnych przemian jezior oraz na diagnozie aktualnego stanu środowisk wodnych, a badania prowadzone są na ponad 250 zbiornikach Pobrzeży i Pojezierzy Południowo - oraz Wschodniobałtyckich.

   Przeprowadzona pod koniec 2005 roku restrukturyzacja Katedry Limnologii, związana ze śmiercią dotychczasowego kierownika jednostki, powoduje zatrudnienie nowych pracowników oraz wydzielenie ze struktur Katedry niezależnej jednostki organizacyjnej – Zakładu Geografii Pojezierzy. Funkcję kierownika Katedry Limnologii (i wchodzącej w jej skład samodzielnej Pracowni Kartografii, Teledetekcji i Systemów Informacji Geograficznej) pełni prof. UG dr hab. Elżbieta Bajkiewicz-Grabowska, natomiast kierownikiem Zakładu Geografii Pojezierzy oraz Stacji Limnologicznej w Borucinie zostaje prof. UG dr hab. Jerzy Jańczak.

     W 2013 roku, w związku z przejściem na emeryturę prof. UG dr hab. Jerzego Jańczaka, dochodzi do ponownego połączenia obu jednostek. Nowym zespołem Katedry Limnologii kieruje jej dotychczasowy kierownik prof. UG dr hab. Elżbieta Bajkiewicz-Grabowska. Funkcja kierownika Stacji Limnologicznej w Borucinie zostaje powierzona prof. UG dr. hab. Dariuszowi Borowiakowi.

     Od września 2016 roku funkcję kierownika Katedry Limnologii przejął prof. UG dr hab. Dariusz Borowiak. W 2019 roku nazwa Katedra Limnologii zostaje zmieniona na Zakład Limnologii